血液灌流的并发症比较严重。血液灌流的并发症主要包括出血，灌流装置的增加会增加肝素的使用，容易导致出血，出血少问题就较轻，若出现严重的胃肠道出血或脑出血，就可能危及生命。也包括血栓栓塞，若抗凝剂剂量较小，可能会发生血栓栓塞，主要器官发生栓塞，则脑梗死、心肌梗死和肺梗死会比较严重。