盐酸胺碘酮注射剂的副作用通常表现在心血管、肺部和甲状腺方面。心血管主要表现为窦性心动过缓，心房到心室的传导时间延长，心室除极到复极的时间延长，静脉用药时可出现低血压。胺碘酮会影响甲状腺功能，无论是甲减还是甲亢，都不适合使用胺碘酮。肺部方面主要是肺纤维化的产生，多发生于长期大量服用药物的患者。