打哈欠对保护脑细胞，增加供氧，提高人体的应激能力具有良好的保护作用。可补充氧气、松弛紧张、消除疲劳，放松肌肉等，飞机降落时打哈欠能帮助平衡中耳内的压力。另外，长时间面对电脑的人，打哈欠还有利于养护眼睛。
人类从胎儿时期，在妈妈肚子里就开始打呵欠，一次打哈欠时间约6秒钟，这短短的时间内，可以使人闭目塞听，全身神经、肌肉得到完全松弛，在生理和心理上都得到最好的休息，对人体有重要的生理保护作用。
有科学家认为打哈欠是脑缺氧的表现，人体通过哈欠的深呼吸运动，大量吸入空气，增加血液中氧气，排出更多的二氧化碳，从而使人精力更加充沛。这一理论是否正确，也不得而知。
人体在疲劳、困乏时，往往会打哈欠，以提醒人体，表示大脑和各器官已经疲劳，需要睡眠休息。而晨起时的哈欠，可以促进大脑皮层的各个功能区由抑制状态转变为兴奋状态，以使大脑皮层进行正常的工作。
美国科学家也通过实验表明，打哈欠是为了帮助大脑降温。因为，打哈欠时吸入的冷空气，有助降低面部血液的温度，进而冷却大脑。而人体在疲劳时，大脑温度会上升，此时需要通过打哈欠来给大脑降温，以维持大脑的健康和清醒。
打哈欠不仅可以排出体内过多的二氧化碳，而且对人体也是一种保护性反应，当人体睡眠不足或疲劳时，会接而连三的打哈欠，这是警告人们大脑和各器官已经疲劳，要赶快睡觉休息，或者工作太紧张，需要适当的放松休息片刻来恢复状态。
一个哈欠的持续时间虽然很短暂，大约六秒钟，但是其生理作用显著，这个期间，人完全闭目塞听，全身神经、肌肉完全放松，能在生理和心理上得到一次很好的休息，其效果胜过镇静剂。
早晨起床后也往往会哈欠不止，这可以促进大脑皮层的各个功区由抑制转变为兴奋状态，使大脑皮层进行正常的工作，每一次打哈欠，必有一次深沉冗长的吸气，有利于更多热氧气进入肺部到达血液，另外，打哈欠时可以驱动携氧的血液流向大脑，提升用脑效率，对脑力劳动者尤为适用。
打哈欠可以使咽喉部肌肉运动，肌力增加，人们在打哈欠期间全身的神经和肌肉会得到放松，处于完全松弛的状态，还可以减轻因咽喉肌肉松弛而造成的打鼾症状。
人脑就像电脑一样，对温度极度敏感，必须保持凉爽才能有效地工作。打哈欠会让上颌窦壁像风箱一样扩张和收缩，把空气压向脑部，降低脑部温度，这个发现也许能给失眠、偏头疼甚至癫痫患者带来一些希望，失眠患者在调控体温上常常有问题，发现哈欠的奥妙也许也能帮助失眠患者。
对男人而言，打哈欠和阴经勃起都是由一种氮氧化物所掌控的，这种氮氧化物在大脑中扩散开后，既可能到达控制呼吸的神经处，也可能下行至阴茎输送能量的血管，有时这两种功能可以同时发挥作用。
实验表明，大约40-60%成人，别人打哈欠时，会被传染，跟着打哈欠。越亲密的人越容易传染哈欠；这种现象叫做移情。移情是我们人类潜藏的原始本能，哈欠传染则可能是促进人群紧密关系的一种分享感情的手段，有助于舒缓紧张压力，传递安详情绪的本能。