1、起源不同
关于撒拉族的起源，根据民间传说有多种不同的说法，有的说是从土耳其来的，有的说是从哈密来的，还有说是从撒马尔罕来的，在学术界比较认可的说法是撒拉族起源于中亚撒马尔罕。而回族起源于波斯和阿拉伯，公元七世纪中叶，波斯和阿拉伯商人经过中国广州等地并定居，到13世纪，蒙古军西政，西域人潜入中国，吸收汉、蒙古、维吾尔民族成分，才逐渐形成了回族。
2、分布不同
撒拉族人主要聚居在青海省循化撒拉族自治县、华隆回族自治县黄河谷地和甘肃省积石山保安族东乡族撒拉族自治县大河家乡一带等，而回族主要聚居在宁夏回族自治区，在新疆、青海、甘肃、河北、北京、上海、内蒙古等地也有不少聚居区。
3、宗教习俗不同
撒拉族和回族都信仰教，但是二者的宗教习俗是不同的，撒拉族聚居的自然村落建有清真寺，每个寺院都有大学阿訇一人，二学阿訇一到两人，满拉若干人，还会专门推选一个侍奉阿訇的人，回族人在每年12月10日有古尔邦节，每年这天，会宰牲献祭，在斋月里还会封斋，要求穆斯林在黎明后到罗日前的时间里反省自己的罪过。