认定合同无效的机关是：法院或仲裁机构。合同的无效会引起很多法律后果，因此合同的无效是由法院来认定的；如果合同中约定了仲裁的，那么仲裁机关也可以认定合同的效力。
一、没有盖公章的劳动合同有效吗
一般是有效的。用人单位盖章并不是劳动合同生效的必备要件。在没有特别约定的情况下，劳动合同双方当事人签字即可表示劳动合同生效。仅凭没有盖公章，就认定劳动合同没有生效，在法律上是站不住脚的。为防止隐患，劳动者在签订劳动合同时，最好要求用人单位既签字又加盖公章。尽管没有盖章的合同在形式上有一定的缺陷，但还不能因此认定该合同无效。只要该合同内容是合法的，且双方在签订时没有任何一方存在欺诈或胁迫行为，仲裁机构完全可以将它看做一份有效的劳动合同。
二、仲裁裁决可以认定合同效力吗
仲裁裁决中能够认定合同效力。根据法律规定，仲裁庭有权确认合同的效力。当主合同无效时，独立存在的仲裁协议仍然有效。仲裁协议与主合同是性质不同的独立条款，当主合同无效时，并不导致仲裁协议无效。因此，仲裁庭有权根据独立存在的仲裁协议，对主合同的效力进行确认。
三、民事合同纠纷怎么处理
如果合同中约定了纠纷解决条款，那么在纠纷发生后，应当按照该纠纷解决条款的约定处理；如果约定仲裁，且仲裁条款有效，则应当向约定的仲裁机关提起仲裁；如果约定的仲裁条款无效，则应当向法院起诉。如果约定诉讼，就应当向约定的管辖法院起诉；如果约定管辖违反法定专属管辖或级别管辖而无效，则应当按照法定管辖来起诉。
【本文关联的相关法律依据】
《民事诉讼法》第三条
人民法院受理公民之间、法人之间、其他组织之间以及他们相互之间因财产关系和人身关系提起的民事诉讼，适用本法的规定。
《仲裁法》第二条
平等主体的公民、法人和其他组织之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷，可以仲裁。
第十九条
仲裁协议独立存在，合同的变更、解除、终止或者无效，不影响仲裁协议的效力。
仲裁庭有权确认合同的效力。
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