RNA-seq比对到转录组
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发布时间：2022-04-19 16:08
共2个回答
热心网友
时间：2023-09-01 19:58
如果有注释较好的参考基因组的物种，可以直接将RNA-SEQ的数据比对到基因组上，也可以比对到从基因组注释出来的基因上，或者先比到基因组上再预测基因（也就是经典的tophat-cufflinks-cuffdiff流程）。
若没有注释较好的参考基因组，建议先用转录组序列从头组装（推荐trinity），再把从头组装的序列作为参考转录本，将RNA-SEQ数据比对到从头组装的序列中。或者把从头组装的序列和对应物种的NCBI unigene的序列整合在一起，去冗余之后再作为参考转录本。
热心网友
时间：2023-09-01 19:59
如果有注释较好的参考基因组的物种，可以直接将RNA-SEQ的数据比对到基因组上，也可以比对到从基因组注释出来的基因上，或者先比到基因组上再预测基因（也就是经典的tophat-cufflinks-cuffdiff流程）。
若没有注释较好的参考基因组，建议先用转录组序列从头组装（推荐trinity），再把从头组装的序列作为参考转录本，将RNA-SEQ数据比对到从头组装的序列中。或者把从头组装的序列和对应物种的NCBI unigene的序列整合在一起，去冗余之后再作为参考转录本。
